Il est prêt à prendre son implacable destin en main. Clark revient à Smallville en Kal-El son alter ego…mais Martha a peut-être un moyen de lui rendre sa véritable identité. Loïs Lane vient enquêter sur le meurtre présumé de Chloé.

Tandis que Clark et Loïs sont à la recherche de Chloé, Lionel envoie un assassin ayant la faculté de transformer ses membres en armes métalliques, afin d'empêcher la jeune fille de témoigner contre lui. Ce n'est peut-être pas la seule flèche que le magnat a dans son carquois: le père de Loïs, le Général Sam Lane, prend peut-être partie pour Luthor.

Clark découvre avec surprise une nouvelle ennemie en la personne d’Abigaïl Fine, une lycéenne timide qui subit une opération de chirurgie esthétique afin d’être plus belle et d’augmenter sa popularité. En effet, quand celle-ci découvre que sa beauté résultant de la Kryptonite fait du mal aux personnes qu’elle embrasse, Lana devient sa prochaine victime. Parallèlement, Jason et Lana continuent à cacher leur relation à Clark.

Clark rejoint l’équipe de football américain du lycée et se voit rapidement promu " quarter back " en remplacement de celui qui s’est battu avec Jason, nouvel assistant de l’entraîneur. Intrigué par le changement de comportement de ses co-équipiers, Clark accompagné de Lois, mènent son enquête et découvre que les " pom pom girls " empoisonnent l’eau de l’équipe avec de la Kryptonite afin de transformer les joueurs en parfaits petits amis.

Lorsque Jonathan se fait voler son portefeuille, Clark utilise ses supers pouvoirs afin de prendre en chasse Bart, alias “ Flash ”, mais à sa grande surprise, ne parvient pas à le capturer. Pendant ce temps, Lex achète un manuscrit inestimable contenant des symboles kryptoniens et Clark apprend que le dit manuscrit cache une carte secrète. Quoiqu’il en soit, lorsque Bart le subtilise à Lex, il met sans le savoir la vie de Clark en danger et doit choisir entre lui et Clark.

Clark intercepte une sonnerie stridente et douloureuse qui le pousse à se rendre dans la prison où est incarcéré Lionel. Lorsqu’il surprend ce dernier sur le point de poignarder Lex avec une étrange pierre luisante, Clark s’en empare, provoquant un échange de corps entre Lionel et lui. Réalisant que son nouveau corps a des supers pouvoirs, Lionel met Smallville à feu et à sang. Coincé en prison et dénué de pouvoirs, Clark doit trouver un moyen de récupérer son identité afin de sauver sa famille et ses amis.

Chloé se trouve embringuée dans un cercle de jeu clandestin dirigé par Mikail, un étudiant qui utilise ses pouvoirs afin de contrôler les joueurs de l’équipe de football américain, Clark y compris. Lorsque Chloé découvre le secret de Mikail, celui-ci la kidnappe et menace de la tuer si Clark n’accepte pas de faire perdre son équipe lors du prochain match de championnat.

Après que Lana ait lu un livre de magie datant du XVII siècle, elle, Lois et Chloé sont possédées par des sorcières qui ont été brûlées sur le bûcher. Les trois sorcières sont revenues pour se venger et se mettent en quête des puissants cristaux de Kryptonite, retournant Smallville sur leur passage. Clark tente alors de les arrêter...

Après que Lex soit accusé du meurtre d’une jeune fille, Clark décide de prouver son innocence et demande son aide à quelqu’un d’assez inattendu, à savoir Lionel. Jurant qu’il n’est plus le même homme, Lionel offre ses sources dans le milieu du crime mais demande quelque chose en retour. Pendant ce temps, Lana soupçonne la mère de Jason, Geneviève, d’avoir assisté à l’incident à Paris au cours duquel elle a été tatouée.

Une expérience secrète conduite par Lex tourne terriblement mal et libère une toxine dangereuse dans l’air. Les habitants de Smallville intoxiqués imaginent que leurs peurs les plus profondes deviennent réalité et sombrent dans le coma. Cela inclus Clark, Lana, Lex et Jason. Désespérant de trouver rapidement un remède, Clark donne un peu de sang à Lex. Il est éberlué par ce que son ami fait de l’antidote.