Voici un an, Alison, la meneuse de la petite bande formée par Aria, Spencer, Hanna et Emily, a disparu. Les quatre fille se sont jurées de ne jamais plus parler de ce qui s’est passé cette nuit-là. A présent, Aria est de retour à Rosewood. L’ancienne nunuche est devenue une reine de beauté. Son aventure avec un bel étudiant, Ezra, tourne court lorsqu’il se révèle être le nouveau prof d’anglais. Hanna vole des lunettes dans un supermarché. Le détective qui la poursuit s’intéresse surtout à sa mère. Emily s’interroge sur ses orientations sexuelles.

Aria, Spencer, Hanna et Emily essaient d’aller de l’avant après la découverte du corps de leur meilleure amie. Le retour en scène de Jenna, surgie de leur passé, les en empêche grandement. Jenna pourrait en effet en savoir long sur leur plus dangereux secret. Aria tente de lutter contre les sentiments, du reste partagés, que lui inspire son professeur d’anglais. Sa mère a la mauvaise idée de l’inviter à se joindre à eux pour une sortie au cinéma. Spencer n’aurait peut-être pas dû embrasser le fiancé de sa soeur. En tout cas, ses parents la battent froid. Hanna n’est pas prête de perdre sa virginité dans les bras de son petit copain ultra-religieux. L’attirance de Spencer pour Maya est mise à rude épreuve.

Il est clair que toute la communauté de Rosewood attend des filles qu’elles élèvent un mémorial en l’honneur d’Alison. Elles s’y prêteraient de meilleur coeur si elles ne recevaient ces irritants messages mystérieusement signés d’un «A» inquiétant. Aria s’est réconciliée avec son père. La réapparition de Meredith, l’étudiante avec laquelle il a eu une aventure, lui déplaît. Spencer se venge maladroitement de la relation privilégiée entre sa mère et sa soeur. Le frère de Jenna est de retour à Rosewood, lui aussi. Les motifs de sa longue absence ne sont pas clairs. Les filles le soupçonnent d’être le correspondant anonyme qui en sait si long sur leur compte.

Les filles tentent de mettre fin au harcèlement de leur persécuteur anonyme en bloquant tous les messages émis par des expéditeurs inconnus. Mais le mystérieux «A» se révèle très doué pour entrer tout de même en communication avec elles. Aria et Ezra se disputent lorsqu’Ezra veut en savoir plus sur la décision qu’a prise Aria de laisser sa mère dans l’ignorance de l’infidélité de son père. Leur réconciliation, la nuit suivante, n’aura pas que des conséquences heureuses.

L'infidélité de son père révélé, Aria doit faire face à une crise familiale qui pourrait avoir de lourdes répercussions. Emily passe de plus en plus de temps avec Toby mais préfère le cacher à ses amies qui le soupçonne toujours d'être la personne derrière le A. Hanna, qui travaille pour rembourser la voiture de Sean, tombe nez à nez avec Jenna et découvre que cette dernière utilise un rouge à lèvre de la même couleur que celui utilisé pour écrire le message du miroir. Spencer est tiraillée entre son envie de contenter son père et celle d'être honnête envers elle-même.

Les 4 amies se préparent à fêter le "homecoming" soirée qui élira la plus populaire fille de lycée, titre qu'espère bien remporter Hanna. Sur les conseils de cette dernière, Emily décide d'y aller avec une personne qu'elle apprécie, en faisant fi du regard des autres. Spencer est sur le qui-vive quand sa soeur fait irruption à la soirée bien décidée à se venger.

Aria, et Hanna font fausse route lorsqu’elles attribuent les blessures d’Emily à une agression de Toby. Elles la mettent en garde contre le jeune homme, insistant sur son passé douteux, afin de la dissuader de continuer à le fréquenter. A son réveil, toujours souffrante, Emily a la surprise de découvrir Jenna à son chevet. La demi-soeur de Toby la menace et essaie de la soudoyer pour savoir où se trouve son frère. Les filles décident de se débarrasser du dossier de Toby qu’Hanna a volé.

Aria, Spencer, Emily et Hanna se préparent pour la célébration du jour anniversaire de la mort d’Alison. Le retour de Jason, le frère de leur amie disparue, les surprend. L’insupportable trublion gothique est devenu un politicien élégant et sûr de lui, qui nourrit ses propres vues sur la commémoration à venir. Jason les informe notamment que Jenna a demandé à prononcer un petit discours pour la circonstance et qu’il a accepté. Anxieuses, les filles se demandent si Jenna ne va les accabler en public. Une autre réapparition, celle de Ian, l’ancien petit ami de Melissa, achève de les perturber.

Alors qu’une tempête se prépare, Aria, Spencer et Hanna révisent en vue de leur examen. Emily manque à l’appel. Où est-elle donc ? Lorsqu’elle arrive, c’est en pleurs, couverte de boue et trempée jusqu’aux os. Le lendemain, Veronica emmène tout ce petit monde alors que l’approche de la tempête pourrait compromettre la tenue de l’examen. L’inspecteur Wilden déstabilise les filles en leur apprenant que le mémorial en l’honneur d’Alison a été vandalisé. Dans la bibliothèque, Emily reçoit un message de «A» la priant d’ouvrir un livre de Dickens dans lequel elle découvre une lettre d’amour qu’elle avait envoyée à Alison.

Un nouvel indice conduit la police à annoncer officiellement que Toby Cavanaugh est recherché pour le meurtre d’Alison. Les filles ont leur raison de penser que les enquêteurs se trompent de suspect. Le retour de Ian dérange les plans de Spencer. Les sentiments naissants d’Aria pour Noel ne sont pas de nature à simplifier sa relation avec Ezra. Le père d’Emily rentre d’Afghanistan. La mère d’Hanna est désespérée devant sa situation financière.