La section spéciale poursuit ses enquêtes, mais sans Peter, qui n'est pas censé exister dans cette version du monde. Pourtant, son image ressurgit par moments, apparaissent à Walter. Olivia enquête sur plusieurs meurtres oeuvre, a priori, du même tueur. Lincoln, dont le coéquipier a été victime de l'assassin, rencontre ainsi Olivia et toute l'équipe, et réussit à s'immiscer dans les investigations...

La Fringe Division de l'univers alternatif fait appel au FBI dans l'univers réel pour traquer un certain John McClennan, tueur en série insaisissable. Olivia apprend que le John McClennan de l'univers réel est quant à lui un universitaire. Les deux Divisions veulent l'envoyer dans l'univers alternatif...

Walter est toujours victime d'hallucinations : il entend une voix dans sa tête et aperçoit le reflet de Peter, sans toutefois le reconnaître. Pendant ce temps, Olivia et Lincoln enquêtent sur une bactérie qui a tué deux enfants, laissant les cadavres dans un état de décomposition avancé. Cette mystérieuse bactérie semble liée à un autre enfant, solitaire et taciturne, le jeune Aaron Sneddon...

Olivia se réveille chez elle. Elle se retrouve nez à nez avec une boule d'énergie qui semble attirer les objets métalliques. Le phénomène se reproduit alors qu'elle procède avec Astrid aux analyses demandées par Walter. Ce dernier se souvient alors d'un des enfants sur lesquels il avait expérimenté le cortexiphan. Le petit avait développé une aptitude à la projection astrale qui le rendait magnétique. Olivia et Walter partent à sa recherche...

Peter Bishop, dont personne ne se souvient, est transféré dans une cellule située dans les locaux du FBI. Il demande à parler à Walter, convaincu que lui seul pourra l'aider à comprendre ce qui lui est arrivé. Après l'entretien, Olivia retrouve Lincoln sur les lieux d'un double homicide. Une des victimes a la peau translucide. Les deux agents partent aussitôt à la recherche du polymorphe qui a enlevé le docteur Malcolm Truss, un ancien chercheur de Massive dynamic qui travaillait sur un projet de régénération cellulaire avant que William Bell n'interrompe le programme...

Des curieux phénomènes temporels se produisent dans la banlieue de Boston. Le premier se déroule au cours d'un incendie : une petite fille se retrouve propulsée quatre ans plus tôt. Puis un train de marchandises fait irruption sur une voie ferrée à l'abandon depuis quatre ans également. Olivia et Broyles soupçonnent Peter d'être à l'origine de ces événements. Walter parvient à isoler un schéma récurrent et les recherches de la division s'orientent vers un pavillon habité par Kate et Raymond Green. Kate est atteinte d'un Alzheimer précoce...

Olivia et Lincoln enquêtent sur la mort d'un albinos. D'autres cas similaires ont été signalés dans le même quartier. Une goutte de sang les met bientôt sur la piste d'Eugene Bryant, un homme né avec une anomalie génétique. Bryant a été enlevé par une des filiales de Kelvin Génétique pour servir de cobaye dans une expérience de manipulation génétique. Des scientifiques l'ont rendu invisible en lui implantant des cellules capables de transformer les pigments de son corps selon l'environnement. Mais Bryant s'est enfui du laboratoire à la faveur d'un incendie, il y a dix ans, et depuis, il cherche à redevenir visible en volant les pigments des corps des ses victimes...

Walter refusant obstinément d'aider Peter à retrouver sa ligne temporelle. En dernier recours, Peter décide de s'adresser au Walter du monde alternatif. Il parvient à convaincre Olivia et Lincoln de le laisser entrer dans l'univers alternatif pour y rencontrer le secrétaire de la Défense...

De l'autre côté, les alter ego d'Olivia et de Lincoln remontent à la source du dernier appel reçu par le polymorphe Murphy. Ils arrivent dans un hangar où les attend le concepteur des polymorphes. Peter reconnaît immédiatement David Robert Jones, sur qui il avait refermé le portail alors qu'il tentait de rallier l'autre univers. Jones exige de récupérer un disque dur et d'être relâché, sinon il provoquera une hécatombe. Le disque dur en question contient des informations géologiques...

Alors qu'Olivia s'interroge sur la prédiction que lui a faite l'observateur, elle doit enquêter sur le cas d'une jeune fille, qui semble pouvoir percevoir la mort imminente des personnes qu'elle croise. Malgré ses efforts, elle ne peut rien faire pour empêcher les événements de se produire. Mais elle finit par accepter d'aider le FBI suite à une vision particulièrement macabre qu'elle a eue. L'équipe découvre alors qu'un homme à qui un juge a retiré la garde de ses enfants veut faire sauter une bombe dans un tribunal. Ils arrivent à temps sur place pour éviter le massacre. Mais la jeune fille, qui se savait condamnée, meurt suite à une surcharge d'activité cérébrale...