Adolescente à problèmes, Nikita a été sauvée de la mort par une organisation secrète connue sous le nom de la Division. L'agence a simulé l'exécution de la jeune fille et lui a donné une seconde chance de débuter une nouvelle vie en servant son pays. Ce qu’ils ne lui avaient pas dit c’est qu’elle allait être entraînée pour devenir une machine à tuer. Cependant, en dépit de son entraînement à la Division, Nikita n’a jamais perdu son humanité, tombant même amoureuse d’un civil. Et quand son fiancé est assassiné, Nikita réalise qu’elle a été trahie et qu’elle ne peut faire confiance à personne. Elle prend alors la fuite. Trois ans plus tard, toujours en cavale, la jeune femme est toujours déterminée à détruire ses anciens employeurs. Pendant ce temps, la Division continue d’entraîner de jeunes recrues, effaçant toute trace de leur ancienne vie pour les transformer en tueurs froids et efficaces. Michael, ancien formateur de Nikita, est désormais chargé de Thom, Jaden et Alex. Celle-ci, hantée par un violent passé, a connu un parcours très similaire à celui de Nikita...

Jill Morelli, journaliste, possède un article sur un accident d'avion organisé par la Division afin de camoufler un trafic.

Ancien agent de la Division, Owen Elliot s'échappe après le vol d'informations sur les crimes commis par l'organisation, enregistrées sur un disque dur caché dans une banque.

Alex informe Nikita que Sara, une recrue de la Division, a été activée pour effectuer une mission suicide.

Nikita et Michael font temporairement équipe dans le but de tuer un terroriste qui a assassiné la famille de Michael il y a plusieurs années.

Alex est mise à l'épreuve. On lui confie une mission qui pourrait changer son statut au sein de la Division : tuer le leader d'une organisation criminelle.

Alex est cette fois engagée dans une mission collective. Elle doit, avec d'autres agents de la Division, s'introduire dans un musée dans le but d'assassiner le prince de Géorgie.

Alors qu'elle est en mission pour la Division, Alex est reconnue par Irina, une jeune femme qu'elle a connue dans le passé.

Michael trouve Nikita dans son repaire et lui annonce qu'il sait qu'Alex est la taupe. Il l'oblige alors à travailler pour lui avant qu'il ne dénonce Alex à Percy.

Nikita estime qu'il est devenu trop dangereux pour Alex de rester au sein de la Division, surtout après les informations que Michael lui a fournies.

Michael apprend que Percy a ordonné l'élimination de quiconque pourrait décrypter les boîtes noires. Il envoie Nikita sauver la dernière personne de la liste, un cryptographe de la CIA nommé Malcolm.